فعالیتهای این دانشکده در 9 گروه آموزشی و پژوهشی زیر ساماندهی شده است:
سازه،
زلزله،
ژئوتکنیک،
مهندسی آب و سازه های هیدرولیکی،
مهندسی محیط زیست،
مهندسی و مدیریت منابع آب،
راه و ترابری و حمل و نقل،
مهندسی سواحل، بنادر و سازه های دریایی
مهندسی و مدیریت ساخت
همچنین این دانشکده با در اختیار داشتن 16 آزمایشگاه آموزشی و پژوهشی شامل آزمایشگاههای زیر فعالیتهای آموزشی و پژوهشی وسیعی را با کیفیت بالا پشتیبانی می نماید:
اندرکنش باد و سازه،
پایش سلامت سازه ها،
شبیه سازی ترکیبی مجازی (آزمایشگاه از راه دور)،
مکانیک خاک،
دینامیک خاک،
مدلهای فیزیکی در مهندسی ژئوتکنیک،
محیط زیست،
آب و فاضلاب،
مقاومت مصالح،
بتن و مصالح ساختمانی،
قیر و آسفالت،
مدلهای هیدرولیکی،
هیدرولوژی،
هیدرولیک و مکانیک سیالات
و آزمایشگاه پردازش موازی در محاسبات عددی
و نیز مرکز تحقیقات زیرساخت‌های صنعت حمل و نقل کشور